近10年來台灣流行性腦膜炎雙球菌感染確診發生率為每年每十萬人少於0.2位病例，比起歐美非其他國家的發生率算是很低。台灣的流行血清分型主要為B型，其次為W135及Y型。每年約有20個確定案例，在2002-3年曾經一度高至每年約40個案例，因此曾針對此進一步研究，當時分析發現有更高比率的W135血清分型，W135分型在台灣以20-54歲此年齡層居多，較少在幼兒，但是臨床流行病學上彼此並沒有相關，也與去中東朝聖無關。而菌株分析起來與曾在中東與非洲流行W135型菌株起源而後造成全世界流行的菌株有些類似。至於B型血清分型也都是散在性案例。死亡案例的危險因子分析則與過去類似研究相似，純菌血症無腦膜炎者，發生意識改變以及皮膚出現瘀血紫斑徵兆，發生死亡的機會增加。不同的血清分型，則與死亡率的高低沒有關係。

　　鑑於在歐美以及紐西蘭等國都曾發生腦膜炎雙球菌案例從極少驟增的前例，因此持續追蹤台灣每年感染案例的流行病學與菌株特性，對於預防大爆發以及疫苗政策制訂是很重要的一環。目前台灣流行性腦脊髓膜炎疫苗係對A、C、Y和W135型等4種腦膜炎雙球菌血清型有效，提供高危險群或至流行區域之個案接種，一般民眾不建議常規施打。倘若民眾將前往流行性腦脊髓膜炎流行地區，為降低可能感染之機會，可於出發七天以前至疾病管制局相關單位接種流行性腦脊髓膜炎疫苗。