根據睡眠多項生理檢查（polysomnography, PSG）的三個參數：腦電圖（EEG）、眼電圖（EOG）和肌電圖（EMG），可以將人類的睡眠分成兩期：非快速動眼期睡眠（NREM sleep）和快速動眼期睡眠（REM sleep），兩者交替循環，大約每90-110分鐘出現一次快速動眼期睡眠，一個正常成年人一個晚上大約出現4-6個週期。整個睡眠時期的前三分之一主要是非快速動眼期睡眠的深度睡眠，而後三分之一主要是快速動眼期睡眠。睡眠障礙中，與睡眠癲癇（sleep-related epilepsy）最容易混淆的是異睡症（parasomnia），又分為非快速動眼期異睡症（NREM parasomnias）和快速動眼期異睡症（REM parasomnias）。
　　非快速動眼期異睡症包括覺醒障礙症（disorders of arousal），包含夜驚症（sleep terror）、睡遊症（somnambulism）和覺醒困惑症（confusional arousals），另外尚包含睡食症（sleep-related eating disorders）和睡眠性行為（sexsomnia）。快速動眼期異睡症包括快速動眼期睡眠行為障礙症（REM sleep behavior disorder）、復發獨立性睡眠麻痺（recurrent isolated sleep paralysis）和 夢靨（nightmare disorder）。
　　對於懷疑異睡症的病患求診必須和床邊人或同住家人一起問診。異睡症的病患常合併睡眠呼吸障礙（sleep-disordered breathing），特別是阻塞型睡眠呼吸中止症（obstructive sleep apnea）。異睡症的病患也可能同時造成睡眠傷害，甚至醫學法律的問題，但是異睡症很少是白日心理和精神問題的夜間延伸。異睡症如果能夠被正確診斷，大部分的病患可以得到有效的治療。
　　睡眠癲癇也必須和睡眠相關動作障礙（sleep-related movement disorders）做鑑別診斷，包括睡眠肌躍（hypnic jerks）、週期性肢體抽動症（periodic limb movement in sleep）、睡眠相關節律性動作障礙症（sleep-related rhythmic movement disorder）、睡眠磨牙症（sleep-related bruxism）以及睡眠相關本體性肌躍症（sleep-related propriospinal myoclonus）。
　　最容易被混淆的睡眠癲癇最主要是額葉癲癇（nocturnal frontal lobe epilepsy, NFLE），可以簡單如突發性覺醒（paroxyamal arousal），也可以複雜如夜間癲癇性遊走（epileptic nocturnal wandering），特別是以過動式行為（hypermotor behavior）為表現的發作型態最容易被誤診。額葉癲癇的典型特徵包括發生在非快速動眼期睡眠、突然開始突然結束、發作時間短暫多數持續一分鐘之內、叢集性發作（clusters）和幾乎沒有發作後困惑狀態（post-ictal confusion）。
　　睡眠多項生理檢查和連續腦波錄影紀錄（continuous video EEG monitoring）是鑑別診斷的主要工具，但是睡眠相關事件頭皮電極發作期腦電圖（scalp ictal EEG）經常合併頭顱外生理訊號的干擾（extracranial artifacts），往往阻礙之癲癇波（epileptiform discharges）的辨識， 因此缺乏相對應的癲癇波並不能排除睡眠癲癇的診斷。
　　發作間腦電圖（interictal EEG）則必須要和一些波形尖銳的正常睡眠腦波做鑑別，包括非快速動眼期睡眠的頭頂?波（vertex sharp waves）、枕葉正?波（positive occipital sharp transients of sleep）、睡眠慢波高度同步活動（hypnagogic hypersynchrony），快速動眼期睡眠的鋸齒波（sawtooth waves），以及容易在睡眠發生的正常腦波變異（normal EEG variants）做鑑別，包括小?棘波（small sharp spikes）、燭台樣波（wicket spikes）、嗜睡期規律性中顳葉腦波釋放（rhythmic midtemporal discharge of drowsiness）等。